У меня, например, на работе на компе, стоит Windows XP и SUSE 11.0
Вначале естессно надо ставить Винду.
Потом, поверх ее, загрузившись с диска, можно ставить Linux.
Линь сам уменьшит раздел Windows и создаст свои разбивки по умолчанию.
Во всяком случае, Suse, Mandriva и Fedora, что я проверял, так делают.