Говоря простыми словами, через PuTTy ты можешь подключиться к удаленному хосту и работать с ним так же, как если бы это был твой локальный комп, за которым ты сидишь в настоящий момент.
PuTTy тебе выдает окно терминала удаленной машины, ты можешь залогиниться от имени root и делать все, что тебе нужно, конфигурировать машину, устанавливать нужный софт и др...