Там проблема минимальная. Просто вероятно нет проверки, которая бы запрещала вызов чекдиска с параметром /r для системного диска. В таком случае, есть открытые файлы и как понимаете, нужна перезагрузка и монопольный доступ.
Хотя, я тоже ни разу не сталкивался с проблемой Чекдиска, все работает надежно.